Après avoir soutenu sa thèse de doctorat en 1988 au Laboratoire de recherche hydrauliques (LRH) de l'EPFl, M.S. Altinakar est entré chez Bonnard & Gardel ingénieurs-conseils à Lausanne. Ingénieur principal au Département d'Hydraulique chez Bonnard & Gardel ingénieurs-conseils, M.S. Altinakar a conduit plusieurs projets de barrages, d'aménagements hydroélectriques, d'alimentation en eau potable, de protection conte les crues, ainsi que diverses expertises dans le domaine des ouvrages hydrauliques. M.S. Altinakar s'est également occupé des problèmes d'aérodynamique (pistonnement) et de sécurité (simulation numérique de la propagation de l'incendie et de la fumée) dans plusieurs projets de tunnels. Pendant cette période M.S. Altinakar a maintenu une activité à temps partiel au sein du LRH. Dès 1997, M.S. Altinakar réintègre le Laboratoire de recherches hydrauliques de l'EPFL où il occupe le poste de responsable des acitivités de recherche en hydraulique fluviale et participe à l'enseignement des cours de mécanique des fluides et d'hydraulique fluviale. Ses activités de recherche portent notamment sur les courants de gravité, les écoulements stratifiés, le transport de sédiment et le transport de matière dans les cours d'eau. M.S. Altinakar maintient également une activité d'ingénieur consultant pour des projets d'hydraulique et d'aérodynamique.